虫控消杀公司一般属于卫生防疫部门或卫生行政部门管理。具体来说，卫生行政部门主要负责医疗卫生方面的政策、环境工作，而具体的执法、业务工作则由下属事业单位等实施，其中疾病预防控制中心（以前叫卫生防疫站）就负责传染病、慢性病预防控制以及有害生物防治等工作。

然而，也有观点认为消杀公司可能归应急管理部管理，但这主要是基于应急管理部整合了多个部门的职责，包括公安部的消防管理职责和国家安全生产监督管理总局的职责等，但并未明确提及消杀公司的直接管理归属。

另外，虫控消杀公司在实际运营中，还需要遵守国家建设部、地方政府等相关部门的规定，如《城市房屋白蚁防治管理规定》、《城镇房屋使用安全管理办法》等，并可能受到多个部门的监管和指导。

综上所述，虫控消杀公司的主要管理部门是卫生防疫部门或卫生行政部门，但也可能受到其他相关部门的监管和指导。具体归属可能因地区和具体业务而有所不同，建议咨询当地相关部门以获取准确信息。