虫控消杀公司一般归卫生防疫部门管理。卫生防疫部门属于卫生行政部门，主要负责医疗卫生方面的政策、环境工作，具体的执法、业务工作由下属事业单位等实施。这些下属事业单位包括负责行政执法的卫生监督局（所），负责传染病、慢性病预防控制的疾病预防控制中心（以前叫卫生防疫站），以及负责妇幼卫生的妇幼保健院等。

然而，需要注意的是，不同地区的具体管理部门可能有所不同。在某些情况下，虫控消杀公司也可能受到其他相关部门的监管，如环保部门、市场监管部门等。因此，在具体操作中，建议咨询当地相关部门以获取准确信息。

此外，还需要强调的是，虫控消杀公司在开展业务时应严格遵守相关法律法规和行业标准，确保服务质量和安全。同时，消费者在选择虫控消杀公司时也应谨慎选择，选择有资质、信誉良好的公司进行合作。